本競走は、1969年に３歳（現２歳）の馬齢重量で争われる重賞競走『函館３歳ステークス』として創設され、函館競馬場の芝1200ｍで行われた。
1984年からは混合競走に指定され、外国産馬に門戸が開放された。
1995年からは中央競馬特別指定交流競走として、地方馬は札幌３歳Ｓ・クローバー賞またはコスモス賞の２着以内馬に限り出走が認められたが、1997年以降はラベンダー賞の２着以内馬に限り出走資格が与えられていた。
その後、2012年に地方馬は３頭まで出走可能となった。
2010年には国際競走に指定され、外国馬は８頭まで出走枠が与えられた。
また、2013年より未出走馬および未勝利馬に対する出走制限が廃止された。

1994年、同競馬場の芝コースの洋芝化に伴う馬場改造工事に伴い、本競走はダート1000ｍに変更して行われたが、翌1995年から洋芝を使った新しい芝コースの運用が開始され、本競走は緑鮮やかな芝1200ｍを舞台に、若駒たちの熱戦が繰り広げられている。

また、1996年以前は札幌競馬のあとに函館競馬が開催されていたが、1997年に函館と札幌の開催日程が入れ替えられたため、本競走は、早期デビューで勝ち上がった２歳馬たちが初めて迎える重賞競走となった。
なお、2009年は函館競馬場のスタンド全面改築工事のため札幌競馬場で行われた。

競走名は、2001年の馬齢表示の国際基準への変更に伴い、『函館２歳ステークス』に変更された。
また、グレード表記は、2007年の日本のパートI 国昇格に伴い、JpnIII に変更されたが、2010年より国際格付けのGIII に改められた。