1949年に関西地区の３歳（現２歳）チャンピオン決定戦として『阪神３歳ステークス』が創設され、当初は阪神競馬場・芝1200ｍで行われていたが、1960年に芝1400ｍに延長され、1962年以降は芝1600ｍで行われている。
その後、1971年に混合競走となり外国産馬に門戸が開放されたのち、1991年に３歳（現２歳）牝馬限定のGI 競走に変更され、レース名も『阪神３歳牝馬ステークス』に改称、牝馬の３歳（現２歳）チャンピオン決定戦として生まれ変わった。
また、1995年から指定されたレースで所定の成績を収めた地方競馬所属馬の出走が認められ、これにより、本競走は翌年のクラシックに直結する競走として、一層その重要性を増すこととなった。

なお、馬齢表示の国際基準への変更に伴い、2001年に競走名が『阪神ジュベナイルフィリーズ』に改称された。
また、2007年の日本のパートI 国昇格によって、グレード表記がJpnI に変更されたが、2010年に国際競走に指定されたことにより、外国馬は９頭まで出走可能となり、国際表記のGI に改められた。

本競走は、翌年の３歳ビッグレースでの活躍馬を多数輩出している。
過去10年の優勝馬の中から、2006年のウオッカが牡馬相手に日本ダービーを快勝、2007年のトールポピーがオークスを制覇、そして2008年のブエナビスタは桜花賞・オークスを制して牝馬二冠を達成した。
さらに、2009年のアパパネは桜花賞・オークス・秋華賞を制覇、同馬は本競走の優勝馬として初めて牝馬三冠を成し遂げた。

『ジュベナイル（Juvenile）』とは、英語で２歳馬のこと。『フィリー（Filly）』は牝馬、特に４歳までの牝馬のことをいい、この言葉には社交界にデビューする少女（女性）という意味も含まれている。